События разворачиваются вскоре после финала Jak and Daxter: The Precursor Legacy. Джек, Декстер, Самос и Кира активируют Машину Времени (Time-Rift), что приводит к вторжению Меднолобых и перемещению героев во времени. Джек и Декстер оказываются в футуристичном мегаполисе Хейвен-Сити (Haven City), где Джек попадает в плен к Барону Праксису. Два года спустя Декстер спасает его, но Джек уже подвергнут экспериментам «Тёмный воин» (Dark Warrior), дающим сверхсилы через Тёмное Эко (Dark Eco). Герой объединяется с подпольной организацией, чтобы свергнуть Праксиса, раскрыть тайну Сферы Предков и остановить вторжение Меднолобых.

Ключевые особенности геймплея:

• Морф-Ган (Morph Gun) — трансформируемое оружие (обрез, бластер, пулемёт, электрошокер).
• Режим «Тёмный Джек» (Dark Jak) — усиливает атаки ближнего боя, но запрещает использовать транспорт и Морф-Ган. Активируется при заполнении шкалы Тёмного Эко (убивая врагов, собирая ящики).
• Открытый мир Хейвен-Сити — огромный город с районами (трущобы, прибрежная зона, индустриальные кварталы). Передвижение: пешком, на ховер-карах (можно угонять) или ховер-борде (открывается позже).
• Система прокачки — Черепные Камни (с тел Меднолобых) улучшают способности Тёмного Джека.
• Динамичные погони — полиция (Стража Кримзон) преследует Джека за убийства, угон транспорта или нарушение порядка.
• Атмосфера — переход от яркого стиля первой части к мрачному, индустриальному дизайну, напоминающему киберпанк.

Критика и наследие: Игра получила высокие оценки (9.5/10 от IGN, 9.1/10 от GameSpot) за сочетание платформинга, экшена и открытого мира, напоминающего Grand Theft Auto. Считается одной из лучших игр для PS2 и важной ступенью в развитии Naughty Dog (создателей Uncharted).

Режимы игры:

• Сюжетный режим — линейная кампания с миссией раскрыть заговор Барона Праксиса и остановить угрозу от расы Меднолобых (Metal Heads).
• Побочные миссии — задания от персонажей (например, Торна из Сопротивления), связанные с кражей флагов, восстановлением водоснабжения, спасением заложников.
• Сбор коллекционных предметов — 286 Сфер Предков (Precursors Orbs) для разблокировки бонусов (неуязвимость, повторное прохождение с сохранёнными улучшениями).
• Испытания с транспортом — гонки на ховер-карах и ховер-борде.