События игры разворачиваются в Спире в эпоху Вечного Покоя, через два года после Final Fantasy X. Она продолжает историю Юны, ставшей охотницей за сферами и членом "Крыльев чайки" — команды охотников, в которую также входят Рикку и Пейн. Юна разыскивает сферы, стремясь больше узнать о таинственном человеке, похожем на её пропавшего возлюбленного Тидуса. Однако она оказывается втянута в политические интриги, которые необходимо разрешить, чтобы избежать войны и раскрыть заговор, целью которого является уничтожение Спиры при помощи древнего оружия.

Final Fantasy X-2 используется система классов, в которой способности и характеристики персонажей определяет экипированная ему сфера одежды. Члены партии могут переключаться на любую сферу одежды из их сетки костюмов, чтобы менять доступные им способности и адаптироваться к различным условиям боя. Используется система Active Time Battle, которой не было в Final Fantasy X. Все доступные локации открываются уже на ранних этапах игры, перемещаться между ними можно при помощи "Цельсия". Прежде чем продвигаться по сюжету, в каждой главе игрок может сыграть в несколько мини-игр и выполнить несколько побочный заданий.